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Single cell whole genome amplification in optofluidic platform and sequencing assessment from the Biology and Mars Experiment (BIOMEX)

Liu, Y. und Jeraldo, P. und Schulze-Makuch, D. und de Vera, Jean Pierre Paul und Cockell, C. und Leya, Thomas und Baque, Mickael und Walther-Antonio, M. (2019) Single cell whole genome amplification in optofluidic platform and sequencing assessment from the Biology and Mars Experiment (BIOMEX). AbSciCon 2019, 2019-06-24 - 2019-06-28, Seattle, Washington, USA.

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Kurzfassung

Genome sequencing of single microbial cells in low biomass settings such as in extreme conditions could lead to crucial findings in astrobiological pursuits. Typically, sequencing requires high biomass and averages over genomically heterogeneous populations, concealing the valuable information hidden within very few cells. Single cell whole genome sequencing is capable of identifying microbes with low representation which is often neglected or undetectable in traditional studies. It can also detect rare mutation events in single cells, which allows for mutagenic and detailed evolutionary work. In this work, we use an optofluidic platform that integrates advanced microscopy, laser tweezers and microfluidic technology to isolate single cells of Gleocapsa sp., Sphaerocystis sp. Arctic strain CCCryo 101-99 and Nostoc sp. Antarctic strain CCCryo 231-06 for whole genome amplification and sequencing to identify the genomic variation among the cells exposed to different conditions, including the ground controls (Earth), Mars simulator on Earth, and the simulated Martian condition on the International Space Station. This work presents an unparalleled study of single cell mutagenic events within a population and observation of the raw rate of mutation events that a single cell experiences under these conditions and shed light on microbial responses to space radiation.

elib-URL des Eintrags:https://elib.dlr.de/129996/
Dokumentart:Konferenzbeitrag (Vortrag)
Titel:Single cell whole genome amplification in optofluidic platform and sequencing assessment from the Biology and Mars Experiment (BIOMEX)
Autoren:
AutorenInstitution oder E-Mail-AdresseAutoren-ORCID-iDORCID Put Code
Liu, Y.Mayo ClinicNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Jeraldo, P.Mayo ClinicNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Schulze-Makuch, D.TU Berlin, GermanyNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
de Vera, Jean Pierre Pauljean-pierre.devera (at) dlr.deNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Cockell, C.UK Centre for Astrobiology, School of Physics and Astronomy, University of Edinburgh, Edinburgh, UK; e-mail: c.s.cockell (at) ed.ac.ukNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Leya, ThomasExtremophile Research and Biobank CCCryo, Branch Bioanalytics and Bioprocesses (IZI‐BB), Fraunhofer Institute for Cell Therapy and Immunology, Potsdam, GermanyNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Baque, MickaelMickael.Baque (at) dlr.dehttps://orcid.org/0000-0002-6696-6030NICHT SPEZIFIZIERT
Walther-Antonio, M.NICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Datum:2019
Referierte Publikation:Nein
Open Access:Ja
Gold Open Access:Nein
In SCOPUS:Nein
In ISI Web of Science:Nein
Status:veröffentlicht
Stichwörter:Genome sequencing, cyanobacteria, Mars habitability, astrobiology, exposure experiments, BIOMEX
Veranstaltungstitel:AbSciCon 2019
Veranstaltungsort:Seattle, Washington, USA
Veranstaltungsart:internationale Konferenz
Veranstaltungsbeginn:24 Juni 2019
Veranstaltungsende:28 Juni 2019
HGF - Forschungsbereich:Luftfahrt, Raumfahrt und Verkehr
HGF - Programm:Raumfahrt
HGF - Programmthema:Erforschung des Weltraums
DLR - Schwerpunkt:Raumfahrt
DLR - Forschungsgebiet:R EW - Erforschung des Weltraums
DLR - Teilgebiet (Projekt, Vorhaben):R - Vorhaben Planetary Evolution and Life (alt)
Standort: Berlin-Adlershof
Institute & Einrichtungen:Institut für Planetenforschung > Leitungsbereich PF
Hinterlegt von: Baqué, Dr. Mickael
Hinterlegt am:01 Nov 2019 07:51
Letzte Änderung:24 Apr 2024 20:33

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