Kühn, Martin Joachim und Abele, Daniel und Kerkmann, David und Korf, Sascha Alexander und Zunker, Henrik und Wendler, Anna Clara und Bicker, Julia und Nguyen, Khoa und Schmieding, Rene und Plötzke, Lena und Lenz, Patrick und Betz, Maximilian Franz und Gerstein, Carlotta und Schmidt, Agatha und Hannemann-Tamas, Ralf und Waßmuth, Nils und Johannssen, Paul und Tritzschak, Hannah und Klitz, Margrit und Koslow, Wadim und Binder, Sebastian und Siggel, Martin und Kleinert, Jan und Rack, Kathrin und Lutz, Annette und Meyer-Hermann, Michael (2024) MEmilio v1.2.1 - A high performance Modular EpideMIcs simuLatIOn software. [sonstige Veröffentlichung]
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Offizielle URL: https://doi.org/10.5281/zenodo.13341171
Kurzfassung
MEmilio implements various models for infectious disease dynamics, from simple compartmental (ODE) models through Integro-Differential equation-based (IDE) models (sometimes also denoted "age of infection models") to agent- or individual-based models (ABMs). Its modular design allows the combination of different models with different mobility patterns. Through efficient implementation and parallelization, MEmilio brings cutting edge and compute intensive epidemiological models to a large scale, enabling a precise and high-resolution spatiotemporal infectious disease dynamics. v1.2.1 Changes Added features / functionality: Implementation of stochastic two variant SEIR models Added delay in testing and planned mobility in ABM ScoreP performance profile of ABM gperftools profiler New initialization method from flows for LCT model Stub generation for python bindings General changes: Refactored ABM code: Rename EPI to MIO, migration to mobility, and World to Model Replaced pointers in ABM by new structure Make the LCT secir model a derived class of CompartmentalModel New parameters that describe the multiplicative factor used for the TestAndTraceCapacity Extended test for equilibrium of IDE model Change return type of check_constraints function in the populations class to bool Adapt parameters_io of IDE SECIR model Small refacturing of epidata package Remove necessity for credentials of population data download Download boost libs with URL instead of git repo Upgrade manylinux image used for python in CI Workaround for github action checkout@v3 Corrections: Add warning for end_date later than 2024-07-21 in intensive care data OdeIntegrator could run indefinitely Removed bug in getting test parameters in specific test derived from generic test
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Dokumentart: | sonstige Veröffentlichung | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Titel: | MEmilio v1.2.1 - A high performance Modular EpideMIcs simuLatIOn software | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Autoren: |
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Datum: | 7 Juni 2024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Erschienen in: | zenodo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Referierte Publikation: | Nein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Open Access: | Nein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DOI: | 10.5281/zenodo.13341171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status: | veröffentlicht | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stichwörter: | Scientific computing, mathematical modeling, software framework, High-performance computing, infectious diseases, agent-based modeling, metapopulation models, mobility | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGF - Forschungsbereich: | Luftfahrt, Raumfahrt und Verkehr | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGF - Programm: | Raumfahrt | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGF - Programmthema: | Technik für Raumfahrtsysteme | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DLR - Schwerpunkt: | Raumfahrt | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DLR - Forschungsgebiet: | R SY - Technik für Raumfahrtsysteme | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DLR - Teilgebiet (Projekt, Vorhaben): | R - Aufgaben SISTEC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Standort: | Köln-Porz | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institute & Einrichtungen: | Institut für Softwaretechnologie Institut für Softwaretechnologie > High-Performance Computing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Hinterlegt von: | Kühn, Dr. Martin Joachim | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Hinterlegt am: | 28 Nov 2024 09:48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Letzte Änderung: | 28 Nov 2024 09:48 |
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