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MEmilio v1.2.1 - A high performance Modular EpideMIcs simuLatIOn software

Kühn, Martin Joachim und Abele, Daniel und Kerkmann, David und Korf, Sascha Alexander und Zunker, Henrik und Wendler, Anna Clara und Bicker, Julia und Nguyen, Khoa und Schmieding, Rene und Plötzke, Lena und Lenz, Patrick und Betz, Maximilian Franz und Gerstein, Carlotta und Schmidt, Agatha und Hannemann-Tamas, Ralf und Waßmuth, Nils und Johannssen, Paul und Tritzschak, Hannah und Klitz, Margrit und Koslow, Wadim und Binder, Sebastian und Siggel, Martin und Kleinert, Jan und Rack, Kathrin und Lutz, Annette und Meyer-Hermann, Michael (2024) MEmilio v1.2.1 - A high performance Modular EpideMIcs simuLatIOn software. [sonstige Veröffentlichung]

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Offizielle URL: https://doi.org/10.5281/zenodo.13341171

Kurzfassung

MEmilio implements various models for infectious disease dynamics, from simple compartmental (ODE) models through Integro-Differential equation-based (IDE) models (sometimes also denoted "age of infection models") to agent- or individual-based models (ABMs). Its modular design allows the combination of different models with different mobility patterns. Through efficient implementation and parallelization, MEmilio brings cutting edge and compute intensive epidemiological models to a large scale, enabling a precise and high-resolution spatiotemporal infectious disease dynamics. v1.2.1 Changes Added features / functionality: Implementation of stochastic two variant SEIR models Added delay in testing and planned mobility in ABM ScoreP performance profile of ABM gperftools profiler New initialization method from flows for LCT model Stub generation for python bindings General changes: Refactored ABM code: Rename EPI to MIO, migration to mobility, and World to Model Replaced pointers in ABM by new structure Make the LCT secir model a derived class of CompartmentalModel New parameters that describe the multiplicative factor used for the TestAndTraceCapacity Extended test for equilibrium of IDE model Change return type of check_constraints function in the populations class to bool Adapt parameters_io of IDE SECIR model Small refacturing of epidata package Remove necessity for credentials of population data download Download boost libs with URL instead of git repo Upgrade manylinux image used for python in CI Workaround for github action checkout@v3 Corrections: Add warning for end_date later than 2024-07-21 in intensive care data OdeIntegrator could run indefinitely Removed bug in getting test parameters in specific test derived from generic test

elib-URL des Eintrags:https://elib.dlr.de/209612/
Dokumentart:sonstige Veröffentlichung
Titel:MEmilio v1.2.1 - A high performance Modular EpideMIcs simuLatIOn software
Autoren:
AutorenInstitution oder E-Mail-AdresseAutoren-ORCID-iDORCID Put Code
Kühn, Martin JoachimMartin.Kuehn (at) dlr.dehttps://orcid.org/0000-0002-0906-6984NICHT SPEZIFIZIERT
Abele, DanielDaniel.Abele (at) dlr.dehttps://orcid.org/0000-0001-7021-1573172669505
Kerkmann, Daviddavidchristian.kerkmann (at) helmholtz-hzi.deNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Korf, Sascha AlexanderSascha.Korf (at) dlr.dehttps://orcid.org/0000-0002-1431-3046NICHT SPEZIFIZIERT
Zunker, Henrikhenrik.zunker (at) dlr.dehttps://orcid.org/0000-0002-9825-365X172669506
Wendler, Anna Claraanna.wendler (at) dlr.dehttps://orcid.org/0000-0002-1816-8907NICHT SPEZIFIZIERT
Bicker, Juliajulia.bicker (at) dlr.dehttps://orcid.org/0000-0001-9382-4209NICHT SPEZIFIZIERT
Nguyen, KhoaHelmholtz Centre for Infection ResearchNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Schmieding, ReneRene.Schmieding (at) dlr.dehttps://orcid.org/0000-0002-2769-0270NICHT SPEZIFIZIERT
Plötzke, LenaLena.Ploetzke (at) dlr.dehttps://orcid.org/0000-0003-0440-1429172669507
Lenz, Patrickpatrick.lenz (at) dlr.deNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Betz, Maximilian FranzMaximilian.Betz (at) dlr.deNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Gerstein, Carlottacarlotta.gerstein (at) dlr.deNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Schmidt, AgathaAgatha.Schmidt (at) dlr.deNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Hannemann-Tamas, RalfForschungszentrum JülichNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Waßmuth, NilsNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Johannssen, Paulpaul.johannssen (at) dlr.deNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Tritzschak, HannahHannah.Tritzschak (at) dlr.deNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Klitz, MargritDeutsches Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungenhttps://orcid.org/0000-0003-3657-4180NICHT SPEZIFIZIERT
Koslow, WadimWadim.Koslow (at) dlr.deNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Binder, SebastianDepartment of Systems Immunology and Braunschweig Integrated Centre of Systems Biology (BRICS), Helmholtz Centre for Infection Researchhttps://orcid.org/0000-0003-1169-1786NICHT SPEZIFIZIERT
Siggel, Martinmartin.siggel (at) dlr.dehttps://orcid.org/0000-0002-3952-4659NICHT SPEZIFIZIERT
Kleinert, JanJan.Kleinert (at) dlr.dehttps://orcid.org/0000-0002-2709-214X172669508
Rack, KathrinKathrin.Rack (at) dlr.dehttps://orcid.org/0000-0002-5794-5705172669509
Lutz, AnnetteAnnette.Lutz (at) dlr.deNICHT SPEZIFIZIERTNICHT SPEZIFIZIERT
Meyer-Hermann, MichaelDepartment of Systems Immunology and Braunschweig Integrated Centre of Systems Biology (BRICS), Helmholtz Centre for Infection Researchhttps://orcid.org/0000-0002-4300-2474NICHT SPEZIFIZIERT
Datum:7 Juni 2024
Erschienen in:zenodo
Referierte Publikation:Nein
Open Access:Nein
DOI:10.5281/zenodo.13341171
Status:veröffentlicht
Stichwörter:Scientific computing, mathematical modeling, software framework, High-performance computing, infectious diseases, agent-based modeling, metapopulation models, mobility
HGF - Forschungsbereich:Luftfahrt, Raumfahrt und Verkehr
HGF - Programm:Raumfahrt
HGF - Programmthema:Technik für Raumfahrtsysteme
DLR - Schwerpunkt:Raumfahrt
DLR - Forschungsgebiet:R SY - Technik für Raumfahrtsysteme
DLR - Teilgebiet (Projekt, Vorhaben):R - Aufgaben SISTEC
Standort: Köln-Porz
Institute & Einrichtungen:Institut für Softwaretechnologie
Institut für Softwaretechnologie > High-Performance Computing
Hinterlegt von: Kühn, Dr. Martin Joachim
Hinterlegt am:28 Nov 2024 09:48
Letzte Änderung:28 Nov 2024 09:48

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